V programu STEREO lze zpracovávat podnikatelské organizace (účtující dle vyhlášky 500/2002), tzv. nevýdělečné organizace (vyhláška 504/2002) a organizace vedoucí účetnictví dle vyhlášky 410/2009 (příspěvkové organizace, rozpočtové organizace a územní samosprávné celky).
Účetní deník je centrální agendou nejen modulu Účetnictví, ale také celého programu STEREO. Obsahuje chronologicky uspořádané zápisy účetních případů včetně označení a dalších náležitostí jednotlivých dokladů (viz požadavky zákona o účetnictví). Na rozdíl od programů jiných koncepcí je Účetní deník v programu STEREO živou agendou, do níž je možné doklady nejen přenášet z ostatních agend (např. ze Závazků a pohledávek, z Bankovních výpisů apod.), ale i přímo zadávat (pomocí volby Nové záznamy do deníku). V účetním deníku lze záznamy rovněž opravovat nebo mazat, pro tento účel jsou připraveny editační formuláře Opravy deníku a Seznam operací. Informace o provedených úpravách jednotlivých záznamů se ukládají a jsou k dispozici v tiskové sestavě Protokoly o změnách v nabídce Ostatní/ Speciality. Informace o smazaných záznamech se ukládají rovněž.

Ze zákona nepovinnou, ale velmi užitečnou a často využívanou agendou jsou Závazky a pohledávky. Její hlavní funkcí je sledování pořízených dokladů, které jsou závazkového nebo pohledávkového charakteru, a z nich vytvořených předpisů a úhrad (zejména jejich včasnost a správnost). Pro snadnější práci jsou v této agendě k dispozici automatické aparáty pro provádění rutinních operací (zaúčtování předpisů, úhrad, proúčtování zálohových plateb, vzájemných zápočtů, kurzových rozdílů apod.) a samozřejmě také tiskové sestavy.
Pokladna je aparát optimalizovaný přímo pro práci s hotovostními doklady a slouží k vedení veškeré pokladní evidence – příjmových a výdajových dokladů. Jde o agendu velice praktickou, se širokou nabídkou tiskových sestav a z velké části podporovanou číselníky. Pořízené pokladní doklady není nutné ihned zaúčtovat. Doklady ponechte v pokladně (při opuštění pokladny se pořízené, ale nezaúčtované položky neztratí) a postupně k nim přidávejte další. Do účetního deníku je lze přenést až v případě potřeby.
Pod volbou Banka se nachází dvě samostatné agendy – Bankovní výpisy a Převodní příkazy.
Agenda Převodní příkazy slouží pro vystavování příkazů k úhradě. Program Stereo umožňuje vytvářet příkazy několika způsoby:
Agenda slouží k jednoduchému zaúčtování bankovních výpisů a jejich provázání s evidovanými doklady. Položky celého výpisu lze pořídit najednou, provést jejich kontrolu a teprve poté je zaúčtovat (přenést) do Účetního deníku.
Obě bankovní agendy disponují také možností elektronické komunikace s bankou (tzv.homebankingu). Princip komunikace spočívá ve vytváření (nebo načítání) spojovacích souborů, které obsahují informace o převodním příkazu nebo bankovním výpisu. Tyto soubory jsou dále zpracovávány speciálními bankovními programy (komunikátory), které mohou být uloženy v počítači nebo na internetu.

Tato agenda obsahuje dva zásobníky – pro účetní deník a pro závazky
a pohledávky.
Obě agendy umožňují práci s doklady ve trojím režimu:
Formulář každého ze zásobníků odpovídá vždy údaji formuláři přímo dané agendy. Zásobník dokladů je však rozšířen o tři údaje, které v agendách nefigurují:
Se zásobníkem dokladů lze pracovat přímo z účetního deníku či závazků a pohledávek, kdy lze libovolnou větu přenést do zásobníku dokladů, nebo je možno naopak bez opuštění zpracovávané agendy převzít doklad ze zásobníku dokladů.
Saldokonto je aparát určený ke sledování a vyhodnocování
dodavatelsko–odběratelských vztahů. Do zpracování Saldokonta
vstupují doklady z účetního deníku, z archivu deníku a
z počátečních stavů saldokonta. Jeho obsah je vymezen účty, které
jsou v účtovém rozvrhu nastaveny jako saldokontní.
Při zpracování saldokonta program porovnává jednotlivé předpisy a
jejich případné platby a vytvoří skupiny dokladů se stejným párovacím
znakem. V rámci těchto skupin sečte zůstatky sledovaných účtů na
stranách Má dáti a Dal o odečte je. Je-li rozdíl nulový, jedná se
o položky vyrovnané. V opačném případě jsou položky
nevyrovnané. Výsledkem popisované operace je saldokonto v podobě
tiskových sestav Spárovaných a Nespárovaných položek (zaplacené a
nezaplacené).
Saldokonto lze sledovat po účtech nebo po firmách, pro speciální
účely jsou k dispozici i sestavy saldokonta po měsících
splatnosti. Tyto sestavy jsou obvykle požadovány peněžními ústavy
v souvislosti s poskytnutím úvěru.
Program STEREO umožňuje zpracovat přiznání k dani z přidané
hodnoty k zadanému období včetně možnosti tisku formulářů pro
Finanční úřad a nabízí i jeho elektronickou podobu. Samotné daňové
přiznání čerpá z daňových dokladů zapsaných v Účetním
deníku a z agendy Doplnění evidence DPH.
Do zpracování vstupují doklady s vyplněnou tabulkou DPH, jejichž
datum DPH je v rozsahu zadaném při vstupu do Zpracování DPH. Způsob
zpracování každého dokladu určuje TypDPH, jehož vlastnosti jsou nastaveny
v Číselníku skupin DPH.
Tato agenda slouží pro podchycení dokladů, které nejsou zaúčtovány v účetním deníku, protože byly např. účtovány v jiném období, ale daňově se mají projevit ve zpracovávaném období. Elektronické podání je k dispozici jak pro přiznání k DPH, tak i pro souhrnné hlášení, které je firma povinna podávat v případě dodávání zboží nebo poskytování služeb do států Evropské unie. Takto vygenerované soubory je možno následně zaslat prostřednictvím datové schránky příslušnému finančnímu úřadu nebo je podat pomocí portálu České daňové správy.
Kromě sestav jednotlivých agend program nabízí také sestavy „souhrnné“ nebo „přehledové“, které podávají celkový obraz o hospodaření účtované firmy. Tyto sestavy čerpají z Účetního deníku popř. Účtového rozvrhu. Pro tyto sestavy musíte nastavit časové pásmo zpracovávaného období ve volbě Přehledy/ Období. Kromě pracovních sestav, jakými jsou například rozvaha a výsledovka, jsou zde obsaženy i povinné výstupy – hlavní kniha, kniha analytické evidence, výkaz zisku a ztráty, výkaz rozvaha.
Datová závěrka je určena pro situace, kdy jsou např. měsíčně odsouhlaseny konečné stavy a již nemá docházet k modifikaci odsouhlaseného období. V tomto případě je doporučeno provést datovou uzávěrku, která znemožní zpětný zásah do již zkontrolovaných dat.
Účelem účetní závěrky je provedení uzávěrkových operací, tzn. uzavření účetních knih (pomocí konečného účtu rozvažného), otevření účetních knih z počátečního účtu rozvažného (včetně převodu zůstatku účtu zisků a ztrát na účet výsledku hospodaření).